Secara historis Pondok Pesantren At-Tawazun lahir sejak pertama kali KH. Musyfiq Amrullah menerima tanah wakaf sebesar 4714 m² oleh wakif bernama H. Uzer Chuzaeri pada tahun 2001, lalu dimulailah peletakan batu pertama dan pembangunan Pondok Pesantren At-Tawazun pada bulan juli 2002 sya’ban 1423 H. kemudian areal tanah wakaf bertambah sekitar 480 m² dari keluarga Alm. Bapak M. Jajadan dan Ibu Siti Rohaeni, dan 3490 m² dari warga kalijati timur. Dan juga ada perluasan tanah wakaf 560 m², 700 m², 336 m², 84 m², dan 280 m² hasil uang wakaf santri. Dengan total jumlah tanh yang dimiliki Pondok pesantren At-Tawazun 10.644 m².

Saat ini Pondok Pondok pesntren At-Tawazun berencana membangun Pesantren At-Tawazun 2 khusus tahfidz yang terletak di desa Sadayu Kec. Kalijati dengan luas tanah sekitar 8900 m² hasil wakaf tanah dari H. Aef Saefurrahman dan kumpulan wakaf masyarakat. Pondok Pesantren At-Tawazun pertama kali membuka lembaga pendidikan MTs At-Tawazun pada tahun 2003 dengan jumlah santri yang mungkin hanya 7 santri, ditambah pengajian salafiyyah malam dari warga sekitar pondok sebanyak 25 santri. Hingga saat ini santri Pondok Pesantren At-Tawazun berjumlah sekitar 700-an dan telah mengeluarkan 10 Angkatan Alumni.